MTs Ma’arif 2 Muntilan diawali pada akhir tahun 80an dan sudah terakreditasi "A" sejak tahun 2008. Keberadaan sekolah ini juga tidak meninggalkan asas manfaat bagi masyarakat sekitar. Demi meningkatkan kualitas peserta didik MTs Ma’arif 2 Muntilan juga melengkapi dengan kegiatan ekstra kurikuler.